临床医学论文_基于二代测序的碳青霉烯耐药高毒

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摘要：

文章目录

1 材料与方法

1.1 菌株来源

1.2 菌株筛选方法

1.3 二代测序方法

1.4 耐药、毒力基因和荚膜血清型的分子生物信息学分析

1.5 多位点序列分型(MLST)和分子克隆(CC)

1.6 统计学处理

2 结果

2.1 菌株标本来源及耐药情况

2.2 CR-hvKP的分子分型和克隆型别

2.3 CR-hvKP的耐药基因分析

2.4 CR-hvKP毒力基因分析

2.5 耐药与毒力基因差异分析

3 讨论

文章摘要:目的确定碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）基因组中耐药基因与毒力基因的分布,探讨CR-hvKP的耐药与毒力分子特征。方法收集2016—2020年该院分离的17株CR-hvKP菌株,使用Hisep 2500型Illumina高通量测序仪进行二代测序,对所测序列进行拼接、组装与注释;应用Diamond软件和RGI软件将CR-hvKP基因组与毒力因子数据库（VFDB）和抗菌药物耐药基因数据库（ARDB）进行比对,发掘和分析菌株基因组中毒力因子和耐药基因分布,并比较不同型别菌株携带的耐药基因与毒力基因的差异。结果基因组序列数据显示17株CR-hvKP菌株全部为CC258克隆复合群,其中10株（58.8%）MLST型别为ST11型,7株（41.2%）为国际上未报道的新序列型别。基因组中存在20多种耐药编码基因,包括对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类抗菌药物耐药的基因;存在60多个毒力编码基因,涉及铁摄取和铁载体、调节蛋白、黏附及侵袭作用的10类毒力因子,荚膜血清型仅存在KL64型（82.4%）和KL47型（17.6%）,未发现其他血清型。ST11型流行株与新ST型菌株相比,耐药基因bla_CTX-M-27、bla_TEM-1、bla_TEM-2、ant2ia、sul1和毒力基因rmpA,差异有统计学意义（P<0.05）。结论该院分离的CC258克隆CR-hvKP菌中ST11型为主要流行株,CR-hvKP基因组携带大量的耐药基因与毒力基因,新ST型的出现亟待进一步全基因组水平监测耐药和毒力进化,为临床诊治提供依据。

文章关键词:

项目基金:《基因组学与应用生物学》网址: http://www.jyzxyyyswx.cn/qikandaodu/2021/1225/620.html